Началось всё с наследования - приватные методы могут вызываться только внутри класса, в котором они были объявлены. Даже если какой-то класс будет наследовать тот, где есть приватные методы, вызвать он их не сможет, а это, в большинстве случаев, заставляет разработчика изменять область видимости на protected, так как их вызов нужен.
Таким образом, лучше сразу писать protected. Во-первых, весь код будет в едином стиле. Во-вторых, не придётся тратить время на изменение области видимости методов.