Так-то мне вон тоже хочется некоторых фич из 5.2/5.3, но они не настолько критичные. А добиться скоростей выше чем у luajit довольно сложно, и это будет очень дорого. Остаётся фиксить встроенные в luajit неудобства.
Так что до выхода и популяризации lua 6.0, думаю, луажыт останется на плаву, и имеет смысл писать именно под него (5.1). А после — общество останется разделённым на luajit и старшие версии, как с питоном 2/3.