а чем CleanMyMac так плох, если не секрет?)
Вам ещё не всё сказали.)
При восстановлении системы в вашем случае ещё важно учитывать, если будете использовать бэкапы системы с установленным на тот момент СММ, то это будет в пустую потраченное время - рано или поздно те же проблемы вылезут (скорее рано, чем поздно).
Так что только полная с 0 установка всей системы, полная заново установка всего нужного вам софта (кроме, разумеется, СММ и аналогичных прог), и форматирование диска или раздела с бэкапами, если таковой имеется, ну и бэкапить заново новую чистенькую рабочую систему.
В вашем случае - иначе ни как!
Данные из бэкапов вытащить можно, но только ручками, по файлово, так сказать...