в прометее смотрите /tsdb-status, там будет информация про самые "прожорливые" метки/метрики. и у вас скрейп_интервал стоит 5с (по умолчанию 15, а у пром-оператора вообще 30). Соответственно у вас уже в 3 раза будет больше размер чем если бы использовались дефолтные параметры