Давайте ещё раз проясним:
есть дата-центр, в нём есть сервер. В него по EoIP приходит... что? Интернет с белым IP?
есть удалённые сети, в которых есть (или ещё нет?) Mikrotik-и.
Нужно чтобы сервер был доступен из каждой из удалённых сетей, они были доступны от него, но не были доступны друг другу (совсем никогда). Так?
в ДЦ winserv с белым ip. есть удаленные сети, где центром был офис с лагающим инетом. Ресурсы сети как ПО завязаны на означенную ОС - это наследственность. Дальше. Эти сервисы (ПО) нужны во всех лучах, а с учетом того, что этот софт парсит разное из лучей по событию, то л2 нужен.
Сервер нужен в доступе из всех лучей, ровно как и лучи для него доступны всегда. Микротики стоят во всех лучах (это уже проделано). Пока же еще не до конца ясно, нужна ли будет изоляция между ними или нет - не суть в этом вопрос. это-то не вопрос. Вопрос про софт или роли на этом центровом винсерве...