Ну способ копировать код на флешку, чтобы иметь последнюю версию всегда с собой.
Если архивировать каждый раз вручную – то во-первых, нужно и вручную удалять старые копии (проверяя корректность новых; в отличие от гарантированных транзакций fossil), а во-вторых каждый раз будет копироваться всё, а не только новые файлы. И распаковываться тоже будут все, а не только новые.
Плюс – всё-таки хранение старых версий, которое никогда лишним не будет, раз уж они отлично сжимаются.