На самом деле и во время короны некоторые страны разрешают транзит внутри ЕС даже с выходом из аэропорта: типа прилетел из России в Мюнхен, а дальше на машине в Австрию. Некоторые ограничивают время за которое ты должен выехать из страны (типа 12 часов). Непонятно конечно как они это проверяют.
Вообще нужно смотреть правила конкретной страны, вот здесь был агрегатор, причем там есть специальный пункт про транзит:
https://reopen.europa.eu/en