По крайней мере у меня чёткая уверенность что конструкция "order by id desc limit 1" совершенно точно вернёт последнюю запись. Вроде чуть ли не из документации/или блогов разработчиков.
Ну и часто в разный проектах вижу как это используют, в том числе, для удаления. Ни разу проблем с этим не было