У меня так в документе. Не видел что есть лишние цвета, которые пришли когда я копировал из RGB файла
А остальное а ля стандартное никогда не думал, что нужно чистить, это же в EPS экспортируеться по идее должны быть только цвета заюзаные в самом логотипе (никогда не изучал этот вопрос и с EPS дела не имел особо, кроме импорта клипартов)