я поправил /etc/php/7.0/apache2/php.ini вот этот файлик, изменил memory_limit на -1, согласно документации это должно вообще лимит убирать, перезагрузил апач, но с нагрузкой все по старому, ни одного процесса больше 0,4% ЦПУ
я так понял это ограничение памяти на 1 скрипт/процесс. Если оно достигается, в логах должны быть соответствующие ошибки. Думаю, не стоит убирать ограничения совсем на случай, если какой-то скриптик выйдет из-под контроля и съест всю оперативку.