как я в свое время понял про это дополнение: это приложение шифрует файлы в выбранной папке. и все. вложенные папки и файлы во вложенных папках зашифрованы не будут.
Я таки разобрался. Вся проблема в том что нужно было сначала не выбирать папку и синхронизировать ее, недеясь на шифрование, а сначала создать с помощью клиента папку nextcloud, там же создать папку и зашфировать ее, а уже потом кидать в зашифрованную папку файлы.
Нет, возможно так было раньше, но сейчас шифруются абсолютно всё и везде