а, так тебе надо делать скан, заводить мапу, в которой хранишь число, количество повторений и индексы.
Затем проходишься по этому списку и удаляешь эти элементы из массива, сохраняя количество удаленных элементов в переменной, чтобы удалять из измененных позиций