и вот такой комент "если дата отличается на больше чем 1000 с, время синхронизироваться автоматически не будет". Ох и странно же всё.
В некоторых дистрибутивах, перед запуском ntpd стартует сервис, который выставляет время, с внешнего источника, а затем запускается сервис ntpd.