Странный аргумент. Никогда просто так не делал, увидел в проекте, который дали на доработку, очень неудобным показалось. Теперь коллега в новом проекте использовал такую же схему, не совсем понимаю, в чем удобство?
Это пошло от истоков MVC архитектуры. Еще это деление по глобальным директориям, controller, models, middlewares, а также какие-то сомнительные статьи вроде bulletproof architecture на ноде, все это разваливается и становится непонятным на более менее крупных проектах.