В общем была подобная ситуация, сначала коллега говорил что линк проблемный вроде его чининили, но возникала такая фигня не часто. Правда позже выяснилось что mstp кое где включен кое где вообще нет.
Один раз видел такое когда клиенту антагом загнали влан по договоренности с ним, все умерло сразу - клиент сказал что у него все норм, а тагом этот же влан работал нормально.