А если делать в разных папках то в каждой папке запуск своей команды(т.к. nuxt nest изолированны), ну наверное можно изолироваными папками сделать и не пытаться их связывать в одну, просто запускать сборки в разных папках
Делите, однозначно. Нет смысла хранить фронт и бэк вместе.
Если проект побаловаться, то можно и так, а если какой-то более или менее серьёзный, то делите, т.к. в дальнейшем вам это только сыграет на руку, если нужно будет развести фронт и бэк по разным серверам или кластерам.