ну так у тебя ошибка к оперативной памяти сервера отношения почти не имеет.
У тебя скрипт при работе просит памяти больше чем пыху дано, упирается в лимит и помирает.
Очевидно, что оптимизировать код, либо же, ты может в последние дни импортировать в базу дофига каких-то значений, а механизм выборки и постройки какого-то дерева неоптимальный