точнее получаем все эти файлы через index.php
Мы получаем все эти Файлы через роутер, да.
Сам менеджер комбайнера выдаёт необходимые теги.
Для гникса нужна лишь настройка чтобы combine/*\.(js|css), в качестве исключения против обычной статики заворачивался на роутер.
Заголовки для кеширования браузером уже отдаёт сам менеджер.