В обработчике Аякса $this['ajax'] = true;
Передай. А на твиге условие
{% if ajax %}
   <script>
   ....
   </script>
{% else %}
   {% put scripts %}
   {% endput %}
{% endif %}

Есть паршл, который обновляется через аякс.
И есть js скрипт, который обновляет данные в этом паршле.
1- Если этот скрипт запустить в паршле, то он не срабатывает при открытии страницы. Т.к запускается до jquery.
2- А если подключить в шаблоне(после jquery), то не срабатывает при обновлении паршла.

Пробовал в паршле скрипт поместить в  {% put scripts %}, но эффект как во 2 случае.
Если подключить скрипт и в паршле и в шаблоне, то работает как надо, но висит ошибка в консоли браузера(ругается на запуск скрипта до jquery).

А как правильнее подключить этот скрипт в данном случае?

Может в скрипт дописать функцию готовности документа?

$(document).ready(function()
вы про это?
пробовал, не получилось

На чистом жс напиши без jquery

при обновлении паршла не запускается

А если не в паршеле его писать?

при обновлении паршла не запускается

Ммм, есть какие либо тонкости переноса сайта на октябре с локалки на сервер?

Разве что ссылки из wysiwyg будут с локальным доменом

Обычно такое во флудилку идёт?)