В скелетоне я пытался разложить подход в разработке. Обычно разработчик создает проект и пишет свои плагины в собственном неймспейсе или неймспейсе проекта, остальные плагины это уже сторонние разработки. Из-за этого grumphp и прочие вспомогательные утилиты настроены только на конкретно код проекта, чтобы код текущего проекта был более менее нормальным и частично соответсвовал стандарту.
+ grumphp если не отключать хуки, в начале бесит, особенно не привыкшего разработчика тем что запрещает к комиту внесенные правки если хоть один таск выдал ошибку, но со временем привыкаешь и он все реже ругается ))
Да и чистый проект, это то как я вижу структуру хранения в гите и установку проекта из композера. В гите должны быть плагины как сторонних разработчиков (если они установлены через маркет), так и плагины текущего проекта, шаблон текущего проекта, а модули встанут из композера. С новой версией октября можно будет нормально и плагины через композер ставить, что будет еще удобнее :)