Раппа переписала MaxStartUI.mnux, заменив собой User Defined набор. После Reset и Load своих настроек в Customize User Interface -> Quads, соответственно, вновь подгружались сокращения Rappa.
Можно было отредактировать MaxStartUI.mnux через Notepad+++, просто вычистив лишнее из документа. Но мне было впадлу, я сделал скрины всех Quads-меню, резетнул и добавил всё заново, а затем просто пересохранил MaxStartUI.mnux. Проблема решилась.
Но вангую, если у кого-то будут так же Quads User Defined настроены, то после Uninstall Rappa (при чем через меню Rappa) будет тоже самое.