какие дыры? простой вариант это экструдить без проемов, в несколько проходов, до высоты подоконника, далее высота проемов, далее высота окон и до потолка, затем выбрать полигоны которые нужно слить и в эдитполи найти кнопку bridge
ты не удаляй полигоны потому что будут такие дырки что бы их закрыть больше телодвижений нужно( выделять два ребра и нажимать бридж), ты просто выбирай два полигона( с лицевой и с тыльной) и нажимай бридж сразу, он сразу создаст проем