Про rootfs-ext4 (combined) не касаюсь, там, насколько знаю, обновление невозможно.
у меня openwrt стоит в виртуалке под x86-64. Я из самого openwrt делаю sysupgrade -v image.bin и он апгрейдит его на этот же диск. Потом просто заново ставлю приложения, /etc/config/ и всё что описано в /etc/sysupgrade.conf тоже сохраняется при обновлении. Но про бареметалл ничего не скажу - не пробовал. Образ виртуалки просто бэкаплю на всякий случай, но пока (с 18.xx по 19.xx) все обновления проходили нормально
ФС внутри openwrt - ext4 /