Сам файл .config.set создаётся в процессе конфигурирования и содержит перечень всех параметров и модулей ядра, а приведённая строка выделяет те параметры и модули, которые включены, сортирует их по алфавиту и вычисляет MD5-хеш получившегося списка. Т.е. vermagiс - не что иное, как хэш конфигурации ядра.