layer= — это разнесение по "виртуальным" слоям. Когда несколько объектов нарисованы в одном месте, но они друг с другом не контактируют. Чтобы люди и программы понимали, что не стоит считать такую отрисовку ошибкой (например, что линии пересекаются и/или должны иметь общую точку в месте пересечения).
Когда надо по слоям разнести, тогда и layer.