да, он его специально убирает сразу после закрывающего тэга. Возможно, это сделано, чтобы когда ты инклудишь php-файл и у тебя там есть закрывающий тэг (да, сейчас их никто не ставит, но раньше так делали), то чтобы не выводился перенос строки, если он есть после закрывающего тэга