Короче, Run Anything выполняет команды в директории с открытым в редакторе файлом или в выбранной директории в структуре проекта (смотря что в фокусе). Раньше этим не пользовался, хотя, думаю, текущее поведение довольно логично.
Для External Tools (не помню было ли ранее) есть поле Working Directory.
А для External Terminal путь по умолчанию, видимо, настраивается так.