Ребят задачу не понял, чё за папки или я что то не так понимаю ?
Основной акцент задачи сделан на реляции. Шкаф, Ячейка, Папка, Файл - это все таблицы. Сущность файл должна хранить имя реального файла. Задача - написать приложение для манипуляции файлами и связями между шкафами, ячейками и т.д.
Раскладывать файлы по папкам необязательно, вполне подойдет плоская структура с именами на основе timestamp+какой-то хэш.
В OctoberCMS есть интерфейс для работы с файлами, который позволяет не думать о том, где эти файлы лежат (хоть S3-хранилище), возможно в ларе тоже есть такой или можно заморочиться и сделать свою реализацию.
Это как я понял.