Кажется первичная - это когда именно создаешь в ФНС. А дальше можно встать на учет еще куда-то. Но может оставлюю пока так как попало, типа потом переспрошу...
Создаю ИП - первичный учет, т.е. в первый раз появляюсь как это ИП. Как ИП получаю лицензию на что-то - встаю на учет еще где-то. Меняю регион регистрации - встаю на учет в новом регионе.