Если сравнивать (немного некорректно), то выпуск сертификата является процедурой добавления новой "ручной подписи" и заверения этого кем-то.
А вот саму подпись, поставленную на документе, потом не отличишь (поставил ли автор или кто-то другой, если она точь-в-точь).