Вообще-то да, будут отличаться за счёт векторизации и паралелизации. Я уже не говорю про то, что в фортран встроена возможность распараллелить на кластере. Джаве до ХПЦ ещё раком до китая.
Ты почитай, что я выше писал. На Java где-то начиная с Java 10 уже очень неплохой SIMD. Параллелизация на родном фортране вообще не предусмотрена. Кстати, ручная векторизация будет в следующем релизе JDK.