не, версии могут разойтись. Их надо строго одновременно комитить. Ну еще бывает прблема, что если изменение на оба проекта, то получается один комит мессадж на двоих
А, ну да, менеджить это надо по-вумному, конечно. У меня было два кейса -- либо инклудбилд в той же репе, там атомарные изменения и ожидаемы, либо две не сильно связанные репы и инклудбилд(../другаяпапка), и там таких бед не было. Мешать не пробовал, но охотно верю, что это непросто.