Dima
И если приложение на том же js зашито в нативный контейнер напр. .exe, то такая ли уже разница для конечного пользователя?
Ну, смотрите, можно смотреть на это как некоторые уровни абстракции.
windows собственно не оперирует двоичными кодами, этим занимается процессор.
На уровне ОС есть различные понятия, как процесс, поток, ресурсы и тд и тп.