Так это как раз нормально, в гите нет главной или неглавной ветки. Ветка, как выше верно замечено, показывает только на свой последний коммит. Какие линии ниже по курсу рисовать левее, какие правее, решает сама рисовалка. В некоторых программулинах можно руками выбрать "главную" ветку, тогда она будет самая прямая. Некоторые рисуют "главной" последнюю обновлённую. Некоторые -- текущую выбранную. Это ничего не значит.