Ну, это сложный вопрос, потому что неизвестно, как Object.keys() внутри работает
Вполне возможно, что он тоже делает эту проверку, просто мы этого не видим
Если прям интересно, то можешь в песочнице потестить, что быстрее, но, я думаю, показательная разница(чтоб можно было с уверенностью сказать, что быстрее, исключая погрешность) будет на объекте из огромного количества полей