Попробую сделать все канонично. Но глазами новичка это выглядит, конечно, дико))
Типа:
> есть nginx, который... ничего не маршрутизирует
> есть wsgi, который нужен только потому что есть nginx
> есть прилага, которая почему-то не может просто работать с единственным правилом "тг = хорошо, не_тг = плохо"
1. Есть nignx. Его задача: обслуживать хттпс, проблемных клиентов, раздавать статику, проксировать на несколько приложений
2. Есть gunicorn - его задача обслуживать хттп запросы и превращать в питоновские вызовы. Заодно он следить чтобы ничего не повисло
3. Есть фласк - его задача предоставить тебе удобные методы маршрутизации запросов, работы с контентом и т.д
4. Есть твой код, который делает свою задачу при получении запросов от телеги