Я хочу сделать так, как на сервере Stepic, чтобы отрабатывать их задания.
Там gunicorn запускается как демон и для конфига используются файлы. Для каждого приложения свой wsgi_config.
я не знаю как там на степике, но что бы запускать и управлять гуникорном как демоном
1) не надо ставить его в систему,
2) достаточно создать его сервис-файл в каталоге systemd
(например - /etc/systemd/system/gunicorn.service)