ты коммитишь то что в add указал же, вот делаешь add .gitignore потом коммит с сообщением, после add . (все добавить) и коммит с сообщением другим, например. Поправьте если не правильно что сказал
Попробуй через пайчарм коммитить. Там легко можно указать отдельные файлы, или даже отдельные изменения в файлах, для создаваемого коммита