Ну вроде как в доке ..copy(src, dst, ...) - src это файл, а dst может быть как файлом так и директорием. Таким образом вроде так можно копировать файлы но не директории.. Ну я не уверен, пишу без питона - нет под рукой - с телефона ))
Кстати, я чет про src не подумал, может ли в роли src папка выступать, если нет, то возможно в этом и проблема. Пойду мануал гляну.