goods = [(val['name'], key, val['price']) for key, value in shops.items() for val in value]
goods.sort(key=lambda v: (v[0],v[2],v[1]))
print(goods)

[('карамель', 'магнит', 41.99), 
 ('карамель', 'ашан', 45.99), 
 ('карамель', 'пятерочка', 46.99), 
 ('конфеты', 'магнит', 30.99), 
 ('конфеты', 'пятерочка', 32.99), 
 ('конфеты', 'ашан', 34.99), 
 ('печенье', 'пятерочка', 9.99), 
 ('печенье', 'ашан', 10.99), 
 ('печенье', 'магнит', 11.99),
 ('пирожное', 'пятерочка', 59.99),
 ('пирожное', 'магнит', 62.99), 
 ('пирожное', 'ашан', 67.99)]