В гайде было сказано python manage.py startapp bot
Ну, ты запускаешь скрипт бота, и он крутится в памяти отдельным экземпляром.
Потом уже в другом терминале запуская джангу.
А связующее звено будет конфиг-файл - бот будет читать, джанга будет писать. Главное, обработку ошибок сделай грамотно, чтобы не получилось так что бот захотел полезть в файл, когда там джанга что-то делает :D