делою
flask db migrate -m "users table"
сами видите, что выдает
я разве что сделал структуру немного иную, нежели в учебнике, поскольку в нем модели находятся в одном файле сразу в папке app, а у меня грубо говоря два файла в папке models, которая в свою очередь в src(условном app)
шо делать