Я вообще только начал изучать эту тему, может ещё что-то попробую. Пока по обсидиану у меня есть замечания:
1) сложность в кастомизации внешнего вида. Нужно руками править CSS.
2) ограниченное пространство ввода. Пока не нашёл как это исправить.
3) Не разобрался в том, что доступно в шаблонах и как это можно использовать. Пока они у меня преметивные
Понравилось:
1) То, что всё в файлах и можно смотреть любым редактором текста.
2) можно из коробки использовать
https://mermaid-js.github.io/mermaid/#/ для схем :-)