pytest обёрнут мейкфайлом, который выставляет десятки переменных окружения, без которых тесты не работают.
пайчарм закономерно не в курсе про такие приколы, он хоть и позволяет выставить переменные окружения, но руками, по одной их ставить неудобно.
вообще даже не это самое страшное, а то что приложение - то самое клауд нейтив, всё завёрнуто в ламбда функции, общается через очереди, вообще всё работает неявно и вызывается неочевидно.
амазоновский xray должен был помочь, но даже с ним не сильно легче.