Это как сделать. У нас поддерживаются сразу 3 версии (включая мастер). Сделано так: когда ты что-то хочешь сделать, почти всегда понятно, в какой именно бранч это пойдет в первую очередь. Скажем, есть старый LTS-релиз 3.5, свежий 4.0, и новый 4.1.0
Правило такое: если этот фикс хочется иметь в старом 3.5, то делаем именно там. После мержа автоматически создаются пр-ы из 3.5 в 4.0 и 4.1.0, и на тебя вешается ответственность за конфликты. разруливаешь их, тесты на новых версиях проходят - код вмерживается
Работает нормально, даже удобно. Человек, который сделал фичу или фикс, именно он всегда ответственный за попадание ее в какой-то бранч. Если народ не тупит, и своевременно резолвит эти мержбеки, то и конфликты все можно порешать относительно быстро