На хабре есть "серия" статей про нашу систему эл.голосования. Как от кого-то из разработчиков, так и ответки от независимого специалиста. Довольно интересно было почитать.
У оппозиции основная претензия заключается в том, что никто не может пронаблюдать что человек голосует не "под дулом пистолета" или не отдал тупо начальнику логин-пароль от ЕСИА.
Ну и ещё в нашей системе можно проверить факт участия в голосовании. Это можно использовать как элемент давления. В стиле "если начальник знает что я ещё не проголосовал, то наверное он может узнать как я проголосовал".