Самое простое - рецепт collective.recipe.omelette, который создаёт папку с симлинками на все пакеты. Эта папка похожа на стандартную папку питона с пакетами - можно её наверное добавить куда то в PyCharm и он будет видеть пакеты билдаута.
Ну или сделать другой рецепт, который будет что-то прописывать в конфиги проекта от PyCharm, что бы он знал где искать пакеты (такой был для Eclipse)