Я тут подумал, а можно ведь рецептом для билдаута не только пути к пакетам для PyCharm прописать. Можно любые настройки в проекте поменять.
Например настроить шаблоны команд. Я, например, руками меняю шаблон для запуска pytest - добавляю в него аргумент для указания rootdir, что бы он был в корне проекта, а не где-то внутри папок, рядом с setup.cfg.
Можно создать какие-то команды (запуск тестов и самого приложения). И всякое другое.
Принимаю пожелания. 😊