@artalar Понимаю. Основная разница в том, что в случае с имеющейся темой .md мы все описания методов берём исключительно из комментариев tsdoc, но зато можно делать эти комменты в любом формате (это и недостаток, потому что этот формат нельзя никак контролировать тулзами, можно лишь регламентировать). Тема .html - стандартная, по умолчанию. Хороша тем, что там всё по умолчанию и не нужен форк плагина с темой .md.
Я за первый вариант, потому что он позволяет с минимальными затратами эту инфраструктуру начать юзать.
И к сожалению, я в ближайшие месяцы не смогу докой заниматься, переключаюсь на другой проект (без reatom).