друзья, а покидайте в меня всякими "как не надо делать". например, не надо использовать setwd() или require().
или список частотных ошибок, как Юра выше присылал, вдруг еще кто-то видел.
Мне кажется, что какое-нибудь y <- c(y, x) внутри цикла сюда тоже можно отнести. Налепят, а потом говорят, что циклы медленные